別のPCに開発中のアプリのデータを移してインポート後、エミュレータで動作確認しようとしたところ、eclipseのコンソールに「Unknown error: Unable to build: the file dx.jar was not loaded from the SDK folder!」とのエラーが発生しました。
SDKのフォルダからdx.jarが見つからない、というエラーらしいです。インポートを行う直前まで動作していたアプリにも同じエラーが発生するようになってしまい、エラーを検索して出てくる解決法の「プロジェクト＞クリーン」を実行しても解決できませんでした。
元の環境で調べたところSDKフォルダのplatform-toolsに問題のdx.jarが存在しており、エラーが起こっている環境を調べたところフォルダの中は空でした。
元の環境からファイルをコピーしてもエラーは直らず、結局SDKを再インストールして解決に至りました。
原因がわからなかったためこの方法で確実に解決するかわかりませんが、同じエラーでプロジェクトをクリーンしても解決しない方は一度SDKをインストールし直してみるといいかもしれません。